MDM（Mobile Device Management：モバイルデバイス管理）をレンタル端末に設定してもいいですか？

はい、ご利用中にMDMを設定していただいて問題ありません。
ただし、ご返却の際は、必ずMDMの紐付け（プロファイルやアカウントの登録など）を解除してください。